先の大戦が終わり、時代はEDO、戦後の混乱はいまだおさまらず、人々は軍事将軍率いる軍事政府の圧政に苦しんでいた。元・忍空の風助は、友達のペンギン・ヒロユキと旅する途中、昔の仲間である藍眺、橙次とその妹・里穂子に出会い、5人はそろって旅をすることになる。だがその旅はままならず、謎の刺客に阻まれる。5人に襲いかかる刺客とは恐るべき力と技を持ち、人の心を持たない戦士たちだ。それに対し、風助、藍眺、橙次は鍛え抜いた忍空技と、強い絆で立ち向かい、次々と敵を倒してゆく。果たして、敵の刺客の目的は？なぜ風助たちを狙うのか？ そしてそれを裏で操る政府の三大軍師の正体とは？ 数々の謎と野望が、混乱の時代を駆けめぐる!!

明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。　　当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生的罪过而疲于奔命，逆刃刀从此封存，家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。　　这不再是关于明治剑客的浪漫谭，这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……