《天地无用GXP》是动漫作品《天地无用！魉皇鬼OVA》的外传，可认为是OVA正传的第二部，剧情时间点为《天地无用！魉皇鬼》第三季结束约2年后，以GP学校为舞台。　　山田西南是个从出生以来就深受不幸之星眷顾的少年,他所在之处不仅是他会倒霉,连其他人也会跟着一起倒霉。有一天,在经过学长正木天地家的时候,照例卷入一次意外,到了最后……竟然进入宇宙。男主人公是一直走霉运的山田西南……家住山県的15岁的高中一年级新生山田西南一直是个很倒霉的人，被成为“灾难”。见到他的人都会躲的远远的。某一天，在学校寄宿半年多的西南回到了家里。一路上被他遇到的人真是够倒霉，打手机的MM突然收不到了信号，正在赌马的大叔立刻输了钱，正在西南家商店里买东西的人听到风声，一下全没了踪影。回到家，西南拿了自行车，赶往西南的好友正木·海的家。可是他的厄运还在继续，连对他早有防备的同学也无法幸免。最后车胎终于爆了，在去打水的路上，西南发现自己无意间来到天地家的附近，就在这时，湖里泛里奇怪的水波纹，接着一阵强烈的冲击波将他震入了湖中……醒来时，西南身边多了一个衣着奇怪的女子。女子在检查了西南没有什么大碍后，误认为西南是“正木天地”的家的人。便邀请他加入“GP”。在没有多余时间解释“GP”的情况下，留下一本小册子后便离开了。西南骑着只剩个把手的自行车，终于到正木海家。正木雾恋发现西南嘴上的口红印后很生气，最后西南闷闷不乐的回到了家。晚上，西南的妈妈和妹妹对那本册子很感兴趣，最后在两人合力下，西南在册子上按下了手印……第二天，西南醒来时，发现自己身在一个陌生的地方，一个陌生女孩不停摸着他的头，另一个警察模样的人告诉他：“你已经加入GP··”这时，西南才发现自己身处在巨大的太空船之中，他以后又会有怎样的遭遇呢…

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……