在公元200X年，由于网络科技日新月异，人类已经进入一个全新网络时代。每个人都会随身携带类似小型个人计算机的PET，其中安装称之为“网络领航员”的人工智能计算机。PET及网络领航员的发明为人类生活带来许多好处，但是网络黑客、病毒传播及高科技犯罪也成为日益严重的问题。光热斗是个国小5年级的小学生，住在秋原镇。在他升上5年级的时候，父亲设计了一个个人网络领航员─洛克人作为礼物，于是他与学校的好朋友们组成网络领航员团队，专门解决网络上发生的问题，结果发现，这些神秘犯罪的始作俑者就是邪恶组织ＷＷＷ。为了阻止ＷＷＷ组织网络领航员的破坏计划及散播病毒，洛克人不断地与之战斗。在神秘人与伊集院炎山的帮助下，光热斗与洛克人勇敢地打击犯罪。洛克人、热斗和伙伴们的友谊及团队力量是否能战胜ＷＷＷ组织邪恶的野心？

公元2010年。全球规模的“超级飓风”使世界各国遭受了巨大的损失。已经膨胀到80亿的人口一下子减少了50亿，变成了30亿。经济和军事的均衡随之崩溃了。　　北美、俄罗斯、北欧被冰雪覆盖，平原地区沉入大海，世界地图突变，混沌时代来临了。日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”，排斥他们。　　时光流逝，公元2035年。　　脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽，与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么......