城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍 Noel Fisher 饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯 Megan Fox 饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特 Will Arnett 饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰 Brian Tee 饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞 Tyler Perry 饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。

威利（西恩·潘 Sean Penn 饰）是生活在路易斯安那州的一名政治家，对于自己的仕途，威利有着非常远大的理想和抱负。长久以来，在南方种植园里工作的农民们都遭受着非常不公平的待遇，威利亲力亲为的为他们谋求福利和权益，久而久之，威利的努力得到了回报，农民们在生活条件逐渐得到改善的同时，也极力的拥护着威利，将他视为他们的领导人。　　在选举中，因为得到了农民们的大力支持，威利最终顺利的被选为了议员，可是，在他手握的权利越来越大的同时，威利也逐渐的忘记了自己的初心。为了向上爬，他开始无所不用其极的来打压竞争对手，玩弄权谋手段。